Keragaman mutasi nukleotida mtDNA varian ikan arwana lokal pada wilayah perairan selatan Papua: Studi pada daerah D-loop
DOI:
https://doi.org/10.31957/.v1i1.180Abstract
Wilayah selatan provinsi Papua yang meliputi Kabupaten Merauke dan Kabupaten Boven Diegul, memiliki potensi sumber daya alam yang besar dalam bidang perairan darat. Salah satu spesies ikan yang banyak mendatangkan keuntungan finansial adalah ikan arwana. Ikan ini banyak terdapat pada wilayah selatan Papua dan harganya yang cukup mahal untuk vari an tertentu. Pola penangkapan ikan secara tradisional dan berbasis kearifan lokal masyarakat perlu terus diupayakan agar dapat meningkatkan produktivitas ikan arwana. Keberadaan ikan arwana di Provinsi Papua banyak terdapat di wilayah selatan karena banyaknya aliran anak sungai dan sungai-sungai besar di wilayah tersebut. Keberadaan ikan arwana yang hanya terdapat pada wilayah selatan Papua tersebut mempengaruhi keanekaragaman genetik ikan tersebut. Tujuan penelitian ini adalah menganalisis dan mengkarakterisasi  pola  mutasi  nukleotida  secara  biomolekuler  ikan  arwana  pada  daerah hipervariabel.  Primer  yang  telah  dirancang untuk amplifikasi ikan  arwana  sepanjang 1  kb  pada daerah D-loop mitokondria. Berdasarkan hasil analisis diperoleh urutan nukleotida DNA mitokondria manusia daerah D-loop melalui direct sequencing untuk sampel-sampel ikan arwana. Jumlah mutasi dominan pada ikan arwana Papua sebanyak 9 posisi pada daerah D-loop mtDNA ikan. Analisis variabilitas  urutan nukleotida  sampel  ikan arwana  pada  perairan  selatan  Papua  memberikan informasi identitas mutasi yang sangat bervariasi baik posisi, jumlah, maupun jenis mutasi yang terjadi.  Hasil-hasil penelitian yang telah didapatkan pada penelitian ini adalah menggambarkan varian-varian ikan arwana yang berada pada perairan lokal Papua, di wilayah selatan Papua; telah berhasil menggambarkan peta genetik ikan melalui perancangan primer yang efisien dan komprehensif pada keseluruhan mitokondria ikan arwana. Dari keseluruhan mutasi yang terjadi, terjadi mutasi yang unik yakni mutasi substitusi transversi pada posisi n+2, terjadi perubahan nukleotida adenin menjadi sitosin, A→c. Luaran dari keseluruhan data yang didapat dari penelitian ini sangat bermanfaat bagi pengembangan bioteknologi perikanan khususnya metode perancangan primer dan teknik isolasi DNA ikan reproducible.
Kata Kunci: Keragaman, Genetik, DNA, Ikan Arwana, PapuaDownloads
References
Boore, J.L.Animal Mitochondrial Genome. 1999. Nucleic Acids Res, 27: 1767-1780.
Broughton, R.E., Milam, J.E., and Roe, B.A. 2001. The Complete Sequence of the Zebrafish (Danio rerio) Mitochondrial Genome and Evolutionary Patterns in Vertebrate Mitochondrial DNA. Genome Res, 11: 1958-1967.
Briolay, J., Galtier, N., Brito, R.M., and Bouvet, Y. 1998. Moleculer Phylogeny of Cyprinidae Infered From Cytochrome b DNA Sequence. Mol. Phyl. Evol, 9: 100- 108.
Hilton, E.J. 2003. Comparative Osteology and Phylogenetic Sistematics of Fossil and Living Bony-Tongue Fishes (Actinopte- rygii, Teleostei, Osteoglossomorpha). Zool. J. Linn. Soc., 137: 1-100
Huelsenbeck, J.P., and Ronquist, F. 2001. MRBAYES: Bayesian Inference of Phylogenetic Tree, Bioinformatics, 17: 754-755
Inoue, J.G., Miya, M., Tsukamoto, K., and Nishida, M. 2001. A Mitogenomic Perspective on the Basal Teleostean Phylogeny: Resolving Higher Level Relationship With Longer DNA Sequences. Mol. Phyl. Evol, 20(2): 275-285.
Kumazawa, Y., and Nishida, M. 2000. Molecular Phylogeny of Osteoglossoids: A New Model for Gondwanian Origin and Plate Tectonic Transportation of the Asian Arowana, Mol Biol Evol, 17: 1869-1878
Machida, R.J., Miya, M.U., Nishida, M., and Nishida, S. 2002. Complete Mitochondrial DNA Sequence of Tigriopus Japonicus (Crustacea: Copepoda), Mar Biotechnol, 4: 406-417
Meyer, A. 1993. Evolution of Mitochondrial DNA in Fishes. In Biochemistry and Moleculer Biology of Fishes. Edited by: Hochachka, P.W and Mommsen, T.P. Amsterdam, Elsevier Science Publishers, 1-38
Natalia, Y., Hashim, R., Ali, A., and Chong, A. 2004. Characterization of Digestive Enzymes in A Carnivorous Ornamental Fish, the Asian Bony Tongue Scleropages formosus (Osteoglossidae), Aquaculture, 233: 305-320.
Nelson, J.S. 1994. Fishes of the World. 3rd ed, 600 p. New York: J. Wiley & Sons. Pouyaud, L., Sudarto, and Teugels G.G. 2003. The Different Colour Varieties of the Asian Arowana Scleropages formosus (Osteoglossidae) Are Distinct Species: Morphologic and Genetic Evideces, Cybium, 27(4): 287-305.
Roberts, T.R. 1989. The Freshwater Fishes of Western Borneo (Kalimantan Barat). Mem.Calif. Acad, Sci, 14: 1-210.
Voris, H.K. 2000. Map of Pleistocene Sea Levels in Southeast Asia: Shorelines, River System and Time Durations. J. Biogeogr., 27: 1153-11667.
Yue, G.H., Liew, W.C., and Orban, L. 2006. The Complete Mitochondrial Genome of A Basal Teleost, the Asian Arowana (Scleropages formosus, Osteoglossidae), BMC Genomics, 7: 242
Yue, G.H., Chen, F., and Orban, L. 2000. Rapid Isolation and Characterization of Microsatellites From the Genome of Asian Arowana (Scleropages formosus, Osteoglossidae, Pisces). Mol. Ecol, 9:
-1009.
Yue, G.H., Li, Y., Lim, L.C., and Orban, L. 2004. Monitoring the Genetic Diversity of Three Asian Arowana (Scleropages formosus) Captive Stocks Using AFLP and Microsatellites, Aquaculture, 237:89-102.
Yue, G.H., and Orban, L. 2001. Rapid Isolation of DNA From Fresh and Preserved Fish Scale for Polymerase Chain Reaction. Mar Biotechnol, 3: 199-204
