Ekstraksi DNA Nibung (Oncosperma tigillarium (Jack) Ridl.) Menggunakan Beberapa Jenis Buffer Terhadap Kualitas Genomik DNA

Imam Mahadi; Irda Sayuti; Nursal Nursal

doi:10.31957/jbp.3780

Authors

Imam Mahadi Universitas Riau
Irda Sayuti Universitas Riau
Nursal Nursal Universitas Riau, Pekanbaru

DOI:

https://doi.org/10.31957/jbp.3780

Keywords:

Buffer, DNA bands, DNA extraction , DNA Concentration

Abstract

The Nibung (Oncosperma tigillarium (Jack) Ridl.) is a plant that serves as the floral mascot of Riau and symbolizes the spirit of unity and brotherhood among its people. Genetic diversity research is essential for the conservation of this species, with DNA extraction being a critical initial step. This study compared three types of buffers: CTAB, Alkyl Benzene Sulfonate (ABS) surfactant detergent, and Sodium Laureth Sulfate (SLS) surfactant detergent. The aim of this research was to identify alternative buffers to replace CTAB and simplify the extraction of genomic DNA from Nibung. Parameters measured included the presence of DNA and DNA concentration, using electrophoresis and a nanodrop spectrophotometer. The results showed that clear genomic DNA bands were successfully obtained for 24 Nibung accessions, with only two accessions, Nibung2s and Nibung6s, showing smeared bands when using the SLS surfactant detergent buffer. The genomic DNA concentrations ranged from 526.2 to 3,829.2 ng/µl. These concentrations are suitable for use as DNA templates in further research. Thus, both ABS and SLS surfactant detergent buffers can be considered viable alternatives to CTAB for extracting genomic DNA from Nibung.

Key words: Buffer; DNA bands; DNA extraction; DNA Concentration; Extraction optimization.

Downloads

Download data is not yet available.

Author Biographies

Irda Sayuti, Universitas Riau

Program Studi Pendidikan Biologi, Fakultas Keguruan dan Ilmu Pendidikan, Universitas Riau, Pekanbaru

Nursal Nursal, Universitas Riau, Pekanbaru

Program Studi Pendidikan Biologi, Fakultas Keguruan dan Ilmu Pendidikan, Universitas Riau, Pekanbaru

References

Abubakar, B.M., F.M. Salleh, A. Wagiran, and M. Abba. 2021. Comparative evaluation of different DNA extraction methods from E. longifolia herbal medicinal product. eFood. 2(1): 21–26.

Buchori, A., F. Habibi, A. Mutia, R. Sri, T.U. Umi, dan Z. Yuniel. 2023. Komparasi mtode ekstraksi DNA menggunakan daun padi: Review. Agriculture and Biological Technology. 1(1): 40-50.

Afshar-Mohammadian, M., M.H. Rezadoost, and S.F. Fallah. 2018. Comparative analysis and inovation of a simple and rapid method for high-quality RNA and DNA extraction of kiwifruit. MethodsX. 5: 352–361.

Apriyani, N. 2017. Penurunan kadar surfaktan dan sulfat dalam limbah laundry. Media Ilmiah Teknik Lingkungan. 2(1): 37–44.

Ari, P., P. Simanjuntak, dan T. Suwarno. 2019. Pengaruh mtoda ekstraksi simplisia mlti herbal dan multi ekstrak daun sukun, seledri dan daun salam terhadap aktivitas antikolesterol secara in-vitro. Medika Tadulako, Jurnal Ilmiah Kedokteran. 6(2): 78–87.

Corkill, G., and R. Rapley. 2008. The manipulation of nucleic acids basic tols and techniques. In: J. Walker (Ed.), Molecular Biomethods Handbook. Second Edition.

Desti dan Mellisa. 2017. Profil morfologi tumbuhan nibung (Oncosperma tigillarium) dan pengembangannya untuk bahan aar. Jurnal Bioterdidik: Wahana Ekspresi Ilmiah. 5(7): 62-71.

Retnaningati, D. 2020. Optimasi metode ekstraksi DNA pada melon (Cucumis melo L.) berdasarkan suhu, lama ikubasi, dan kondisi daun. Biota: Jurnal Ilmiah Ilmu-Ilmu Hayati. 5(2): 109-114.

Doyle, J., and J. Doyle. 1991. A rapid DNA isolation procedure for small quantities of fresh leaf tissue. Phytochemical Bulletin. 19(1): 11–15.

Emilia, H. Essy, dan A. Ashabul. 2021. Optimalisasi metode estraksi DNA daun, kulit kayu dn kayu Pinus merkusii Jungh. Et de Vriese. Jurnal Ilmiah Mahasiswa Pertanian. 6(4): 766-778.

Enny, R.S., T.T. Rerenstradika, G.D. Yuliana, Anggraheni, B. Irmanida, P. Amalia, N. Waras, R. Taopik, A. Rita, Chairunisa, H. Rikno, R. Nurhamidar, dan F. Hani. 2023. Efektivitas metode ekstraksi DNA pada daun segar dan kering dari tanaman obat. Vegetalika. 12(3): 211-227.

Hairuddin, R., F. Palopo, U.C. dan T. Serealia. 2013. Isolasi DNA dan amplifikasi, (PCR) genom DNA kopi (Coffea sp) melalui proses elektroforesis gel. Dinamika. 4(1): 43–48.

Ibrahimi, M., N. Brhadda, R. Ziri, M. Fokar, D. Iraqi, F. Gaboun, M. Labhilili, A. Habach, R. Meziani, J. Elfadile, R. Abdelwahd, and G. Diria. 2023. Analysis of genetic diversity and population structure of Moroccan date palm (Phoenix dactylifera L.) using SSR and DAMD molecular markers. J Genet Eng Biotechnol. 21(1): 66.

Kuni, B.E., G. Hardiansyah, dan Idham. 2015. Etnobotani masyarakat sku Dayak Kerabat di Desa Tapang Perodah Kecamatan Sekadau Hulu, Kabupaten Sekadau. Jurnal Hutan Lestari. 3(3): 383–400.

Kristianto, N., S. Dani, I. Made T, dan P. Lestari. 2022. Ekstraksi DNA genomik: Tahap kritis dalam kgiatan analisis molekuler tanaman. Jurnal AgroBiogen. 18(1): 33-44.

Kristianto, N., T.T. Rerenstradika, Reflinur, dan P. Lestari. 2019. Metode ekstraksi DNA tanaman tanpa pesipitasi eanol untuk kegiatan Polymerase Chain Reaction (PCR). Jurnal Bioteknologi & Biosains Indonesia. 6(1): 28-39.

Maryanti, A. 2019. Pengembangan modul berbasis riset anatomi batang nibung pada mata kuliah anatomi tumbuhan. Jurnal Bioterdidik: Wahana Ekspresi Ilmiah. 7(3): 98-104.

Mahadi, I., Zulfarina, dan M. Anggrai. 2021. Penggunaan buffer alternatif untuk isolasi DNA genomik pada tanaman hutan. Jurnal Penelitian Kehutanan Wallacea. 10(2): 117-130.

Nugroho, K., R. T. Terryana, H. Rijzaani, dan P. Lestari. 2017. Metode ekstraksi DNA pada Jatropha spp. tanpa menggunakan nitrogen cair. Jurnal Penelitian Tanaman Industri. 22(4): 159–166.

Nurkamila, U.S., dan M. Pharmawati. 2014. Ekstraksi DNA dari herbarium anggrek. SIMBIOSIS, Journal of Biological Sciences. 2(1): 135–146.

Restu, M., M. Mukrimin, dan G. Gusmiaty. 2012. Optimalisasi teknik ekstraksi dan isolasi DNA tanaman suren (Toona sureni Merr.) untuk analisis keragaman genetik berdasarkan Random Amplified Polymorphic DNA (RAPD). Jurnal Natur Indonesia. 14(1): 136–142.

Sambrook, J., E.F. Fritsch, and T. Maniatis. 1989. Molecular cloning: A laboratory manual. In: J. Sambrook (Ed.), Cold Spring Harbor (2nd ed.). Cold Spring Harbor Laboratory Press.

Selvakumari, E., J. Jenifer, S. Priyadharshini, and R. Vinodhini. 2017. Application of DNA fingerprinting for plant identification. J Acad Ind Res. 5(10): 149-151.

Syafaruddin, E. Randriani, dan T.J. Santoso. 2011. Efektivitas dan eisiensi teknik isolasi dan purifikasi DNA pada jambu mete. Jurnal Tanaman Industri dan Penyegar. 2(2): 134-141.

Vega, K.S., dan P.R. Didik. 2022. Review artikel: Metode ekstraksi DNA genom untuk tanaman tinggi kandungan polisakarida dan metabolit sekunder. Agroteknika. 5(2): 118-129.

Yi, S., W. Jin, Y. Yuan, and Y. Fang. 2018. An optimized CTAB method for genomic DNA extraction from freshly-picked pinnae of fern, Adiantum capillus-veneris L. Bio-Protocol. 8(3): 2018. Doi: 10.21769/BioProtoc.2906

Yulianti, E. 2006. Pengembangan teknik isolasi DNA tumbuhan menggunakan detergen komersial. Seminar Nasional MIPA (Penelitian, Pendidikan, Dan Penerapan MIPA Serta Peranannya Dalam Peningkatan Keprofesionalan Pendidik Dan Tenaga Kependidikan) Yogyakarta, 1 Agustus, 72–85. https://eprints.uny.ac.id/11869/1/Makalah Evi Yulianti UNY.

Yulis, P.A.R., and M.N. Isda. 2019. Local wisdom of Riau mascot flora (Oncosperma tigillarium (Jack) Ridl.) in Baganbatu, Bengkalis District Riau Indonesia. International Conference of CELSciTech (ICCELST_ST)i December 2019 92-95.